Es gibt aber auch einige Nachteile beim Fräsen. Die Methode ist nicht für alle Böden geeignet. Voraussetzung ist eine Bodenstärke von mindestens 2,0 (Trockenestrich) beziehungsweise 3,5 bis 4 Zentimetern und geeigneter Estrich (Anhydritestrich, Sandzement, weicher Beton). Eher nicht geeignet ist harter Beton mit Armierungen – und Gussasphalt, weil beim Fräsen oft viele Risse auftreten. Es gibt aber Fachbetriebe, die es auch für diese beiden Bodenarten anbieten. Bei altem Estrich besteht ein generelles Risiko: Vorhandene Risse können sich durch thermische Spannungen nach dem Fräsen verschlimmern. Fachleute können das vorab prüfen.
Nachteile sind auch beim Thema Effizienz möglich. Denn der Boden rund um eine eingefräste Fußbodenheizung speichert Energie oft weniger gut. Fehlt eine Dämmung nach unten, kann zudem viel Energie verloren gehen. Im Erdgeschoss lässt sich das durch eine Kellerdeckendämmung vermeiden. In gut gedämmten Gebäuden ist das weniger problematisch als in schlecht gedämmten.
Ein Nachteil für Heimwerker*innen: Das Fräsen einer Fußbodenheizung ist eher eine Sache für Fachleute. Das geht beim Prüfen des vorhandenen Bodens los. Dazu ist meist eine Probebohrung sinnvoll. Auch das Fräsen selbst ist keine einfache Aufgabe; ebenso das Anschließen, Befüllen, Entlüften und Prüfen auf Dichtheit (auch Druckprüfung genannt). Dinge, die Sie selbst erledigen können, gibt es aber auch: zum Beispiel das Entfernen des alten und das Anbringen des neuen Bodenbelags, das Ausbessern des Estrichs oder eventuelle Durchbrüche (nach Absprache mit Fachleuten).